對一般使用者而言，就算擁有一台性能卓越的AFM，由於缺乏相關知識、且經驗不足，常無法駕馭AFM以取得好圖。也就是，對於必要的掃描參數(即探針振幅、Set Point值、掃描速度、回授增益PGain及I Gain等五個參數)，因對其物理意義認知的不足，於操作AFM時，通常只能以瞎猜、或碰運氣之方式掃圖，終究落得棄械投降之命運。更壞的情況是，就算使用同一機器、同一樣品、同一探針，十個人來操作，可能產生十種不同的量測結果。

所謂的好圖，不單只在於求取影像的清晰，而是要根據科學方法(AFM的物理法則)來操作AFM，以取得正確的表面結構之數據(正確的說法是：要能清楚呈現誤差的數據，才可稱為正確的數據)，才不會發生十個人十種結果的下場。以下，簡要說明AFM掃描參數最佳化之理論，這是一個放諸所有AFM皆準、並適用於所有使用者的掃描理論，詳細說明請參閱論文，其要訣如右欄所示。只要根據如此簡單之法則，任何人皆可快速成為AFM專家。

如圖1所示，為一般AFM系統之方塊圖(輕敲模式)。本機器已作回授增益最佳化之處理，無須使用者設定。因此，所需設定的掃描參數只剩下探針之振幅、Set Point值、及掃描速度(圓圈處)。

因本機器於輕敲模式下，Z軸影像解析度，已高達0.2nm以下，所以不建議使用接觸模式(接觸模式的缺點是加速針尖磨損與樣品刮傷)。是以，不對接觸模式作說明，但其根本物理法則相同。